Het gehele plan van de Hermitage heeft een bouwbudget van 39 miljoen euro. De Sponsor Loterij, de Provincie Noord-Holland, de Gemeente Amsterdam en het W.E. Jansen Fonds hebben driekwart van het benodigde bedrag beschikbaar gesteld. De eerste fase, gebouw Neerlandia, kost 10% van het totale bedrag, bijna 4 miljoen euro. De exploitatie wordt gedekt door 50% inkomsten uit kaartverkoop en 50% inkomsten uit sponsoring, oftewel ongeveer 500.000 euro. Tentoonstellingssponsors, zoals van de huidige tentoonstelling Grieks Goud, zijn KPMG en Aon Artscope Insurance als verzekeraar.

Voor de financiering heeft De Hermitage een stichting opgericht waarin zowel de Hermitage in Sint-Petersburg als De Nieuwe Kerk in Amsterdam participeren. De stichting heeft meerjarenovereenkomsten met de Fortis Bank en KPMG gesloten.
Nieuwe Kerk en Hermitage directeur Ernst Veen: "We hebben bewust niet gekozen voor rijkssteun. De helft van de begroting moet uit eigen inkomsten komen. We schatten dat we jaarlijks 200.000 bezoekers trekken. Dat betekent ook dat er twee ton naar Sint-Petersburg gaat (NB Elke bezoeker die de Hermitage aan de Amstel bezoekt, betaalt één euro mee aan de renovatie van het paleizencomplex aan de Newa in Sint-Petersburg). De andere helft komt van vaste sponsors."

Overigens is Fortis Bank samen met Buhrmann en de NS ook founder van De Nieuwe Kerk. Daar is momenteel de tentoonstelling 'Liefde uit de Hermitage' te zien, het sluitstuk van de samenwerking tussen De Nieuwe Kerk en de Hermitage. Getronics en KPMG zijn hoofdsponsor van De Nieuwe Kerk.